A The Last Ninja 2 megjelenése és anyagi sikere után a kiadó kártyán is ki akarta azt adni, és hogy néhány hiszékeny alakot a másodszori vásárlásra is rávegyenek, ez a verzió néhány jelentéktelen dologban átalakult – például új intrót és menügrafikát kapott, és pár ellenséget is néhány pixellel arrébb tették. A munkálatok közepette derült ki, hogy az eredeti zenéket író Matt Grey felmondott, ezért az intróhoz egy új szakemberre volt szükség – viszont ironikus módon pont az intró mérete miatt egy második hangvezérlő szoftver már nem fért el a játékban, ezért kénytelen-kelletlen a teljes zenei anyagot újra kellett venni. Ezt végül szintén e verzió nagy újításai között reklámozták, de szerintem kevesen mondanák azt, hogy egyértelműen az új dalok a jobbak.

Nehezen lehet elképzelni, hogy a System 3 miként tudta volna még zavarosabban elnevezni sikersorozatának különféle verzióit. A második rész továbbra is 8-bites gépekre készült verziója Ninja Remix címmel jelent meg, és ugyanezt a nevet kapta az első rész Amigára és Atari ST-re készült portja is. 

Forrás: Commodore Format 1990/12. Állandó link a bejegyzéshez.